I 2000 fik Klitgaarden nyt liv som refugium – og dermed en ny begyndelse for det historiske hus. Da Klitgaarden blev sat til salg af kongehusets arvinger, opstod ideen om at skabe en institution, der kunne tjene kunsten og videnskaben. Det lykkedes – og huset blev nænsomt restaureret og tilpasset den nye funktion. Blandt andet blev de tidligere kongelige garager ombygget til atelierer, diskret indpasset i landskabet. 

Klitgaarden Fonden blev dannet med det formål at eje og drive Klitgaarden som et refugium for forskere, kunstnere og andre, der har brug for arbejdsro og fordybelse indenfor deres fagfelt. Refugiet bygger på et åbent og respektfuldt samspil mellem kunstnere og forskere og Skagens historie, kultur og natur. De gæstende kunstnere og forskere har bl.a. tilknytning til universiteter, højere læreanstalter og Dansk Kunstnerråd.

25 år efter åbningen står det klart, at visionen er blevet til virkelighed. Det, der begyndte som en visionær ambition, har udviklet sig til at være et anerkendt og eftertragtet refugium på Danmarks nordligste spids. Mange vender tilbage – og flere nye finder vej. Her er højt til himlen og plads til at fordybe sig uden hverdagslige forstyrrelser. Transformationen fra idé til virkelighed havde ikke været mulig uden generøs støtte fra en række offentlige og private fonde.

Klitgaarden er i dag et levende refugium, hvor kunstneriske og videnskabelige processer og projekter udfolder sig omgivet af hav, klit og himmel. Renoveringen i 2025 tager afsæt i husets originale arkitektur og farvesætning, og sørger nænsomt for, at Klitgaarden de næste mange år fortsætter med at være et dynamisk hus og et fagligt fællesskab i bevægelse.